Logo no início da cerimônia, o protocolo da Olimpíada de apresentação do presidente do país-sede foi quebrado. No caso, Michel Temer, interino, não foi anunciado.
O protocolo oficial entregue pela organização da Rio 2016 continha a apresentação de Temer logo após Thomas Bach, presidente do Comitê Olímpico Internacional.
Depois do presidente do COI, no entanto, a abertura seguiu para o hino nacional brasileiro, interpretado pelo músico Paulinho da Viola.
Antes disso, a cerimônia foi aberta com a clássica música "Aquele Abraço", de Gilberto Gil, interpretada por Luiz Melodia.
Presidenta afastada do Brasil, Dilma Rousseff chegou a ser convidada para comparecer à cerimônia de abertura dos Jogos Olímpicos, mas recusou. Ela foi chamada para o evento, mas não ficaria na tribuna junto com Temer, Bach e outras autoridades.
Nesta semana, Dilma se disse "triste" por não ir ao evento.